En découpant virtuellement l'animal en tranches très fines, le scanner est d'une grande précision pour tous les tissus et organes, os compris. Cet examen est très intéressant dans le diagnostic de certaines affections comme les crises convulsives, les otites chroniques... Comme pour la radiographie, l'utilisation d'un produit de contraste permet d'obtenir des images plus nettes de certains organes.
Cet examen, bien que non douloureux, nécessite que l'animal soit complètement immobile. Il est donc indispensable d'anesthésier l'animal pour réaliser cet examen.
Cet examen n'est pas réalisé au cabinet vétérinaire car il nécessite du matériel très couteux et des compétences spécifiques. Les animaux qui nécessitent un tel examen sont dirigés vers des structures spécialisées :